Com o objetivo de controlar os impactos decorrentes das obras rodoviárias na qualidade dos cursos hídricos interceptados pelas mesmas, a Coordenação de Meio Ambiente (Cgmab) do DNIT executa, para alguns dos empreendimentos, Programa de Monitoramento da Qualidade das Águas. Por meio dele, são avaliados todos os parâmetros da água antes e durante a obra, de acordo com a resolução do Conselho Nacional de Meio Ambiente - CONAMA (nº 357/março 2005). São monitorados os parâmetros físicos, químicos e biológicos da água que indicam o índice da qualidade da água e são usados para controlar os efeitos da obra.
O cuidado com o meio ambiente começa antes mesmo do início da obra. Para que os empreendimentos sejam realizados nas rodovias, é necessário primeiramente promover o devido licenciamento ambiental, que inclui os Estudos de Impacto Ambiental (EIA-RIMA). Os estudos indicam como a obra pode afetar o meio ambiente e as medidas a serem tomadas. Neste licenciamento, é definido o Plano Básico Ambiental (PBA) que visa reduzir prejuízos e construir rodovias mais sustentáveis. Ele será executado durante a obra. O monitoramento é feito por empresas contratadas pelo órgão, que também fazem a gestão ambiental no trecho que está em construção.
De acordo com a CGMAB, são adotadas medidas para diminuir impactos causados pelas obras e prevenir possíveis acidentes ambientais, como por exemplo a poluição dos corpos d´água. Impedir que resíduos de materiais da construção e vazamentos de óleo e graxa dos caminhões caiam na água são algumas das ações promovidas pelas Gestoras Ambientais junto às construtoras envolvidas nas BRs. Também são capacitados os trabalhadores envolvidos na construção da estrada por meio de treinamento e educação ambiental.